故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透,一天在好奇心的驱使下,在海岛上找到一块闪烁着红光的石头,上面还有一枚蛋。刚握在手里,从蛋里竟孵出一只小乌龟来,为了纪念母亲生前对他的昵称,小透给小乌龟起名为“透透”,并瞒着父亲孝介把透透养在家里。
平常在家里不爱说话的小透,由此一天天的开朗起来,这让孝介感到惊讶而欣慰。然而,事情并没有这么简单,这并不是普通的小乌龟,它不但生长速度惊人,而且还懂得制造气流在空中飞行,青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切,她告诉小透,透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉。后来,透透长大到实在没法遮掩,小透便把它搬进了海边一个秘密小屋。
麻衣原来一直有心脏毛病,翌日她将要到名古屋的大医院动手术。得知此事,小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石,而这块守护石,正是透透出生时那块发出红光的石头窝,麻衣为此向“两个小透”都表示感激。
一天,小屋里的透透突然不见踪影,小透正要四出寻找,一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现,不仅在市镇上大肆破坏,还掠食人类。孝介赶到现场,打算带儿子和他的小伙伴脱离险境,却不知积达士已经在背后张开了血盆大口。千钧一发之际,一个庞大身影闪过将积达士撞开,果然,透透就是年幼的加美拉。
只有成年体型四分之一的透透,经过苦战一场,终于把积达士打入大海,而自己也耗尽了力气,被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走,小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开。不过,坏消息随后带来了一个好消息:麻衣的母亲来电告诉小透,女儿的手术顺利完成,奇怪的是,麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透。
学者雨宫本想对加美拉进行催长手术,好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击,没想试验还在进行的时候,积达士再次在名古屋登陆,直接给研究所杀了个措手不及,成长不完全的透透,也只好再度迎战。而此时的小透,正在赶往名古屋的路上,他明白到守护石必须回到透透身上,才能让透透发挥出最大的力量。
可是小透徒步实在太慢了,麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去,却被父母和医生劝阻,透透面对积达士完全没有还手之力,这下子可危险了……!
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