应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
主演：
主演：内田雄马,和气杏未,日笠阳子,小市真琴,日高里菜,大塚明夫,花守由美里,千本木彩花,山下诚一郎,富田美忧,松田飒水,濑户麻沙美,速水奖,中田让治,峰田大梦
主演：内山昂辉,村濑步
主演：加藤涉,本渡枫,富田美忧,长绳麻理亚,濑户麻沙美,朝井彩加,上坂堇,三森铃子,进藤天音,高尾奏音,Lynn,高桥李依
主演：白石晴香,福山润,羽多野涉,齐藤佑圭
主演：井藤智哉,稻垣好,田中美海,大野智敬,白石晴香,古川慎,白石凉子,吉野裕行,鈴村健一
主演：宫野真守,神谷明
主演：田村睦心 Mutsumi Tamura,种崎敦美,小西克幸,梅澤めぐ,钉宫理惠,杉田智和
主演：知念英和,日野友辅,宫部望美,塚本高史,千岁真知,泷泽谅,川崎帆帆花,古贺瑠
主演：知念英和,日野友辅,宫部望美,塚本高史,千岁真知,泷泽谅,川崎帆帆花,古贺瑠
主演：长绳麻理亚,种崎敦美
主演：布兰达·布莱斯
主演：高桥李依,堀江由衣,早见沙织,斋藤彩夏
主演：田中真弓,冈村明美,中井和哉,山口胜平,平田广明,大谷育江,山口由里子,矢尾一树,长岛雄一,宝龟克寿
主演：浪川大辅,小林裕介,风间万裕子,八代拓,小西克幸,关根明良,中村悠一
主演：大塚刚央,鬼头明里,菲鲁兹·蓝,小樱悦子,新垣樽助,下地紫野,仲村宗悟,熊谷健太郎,金城大和,岛袋美由利,纺木吏佐,仪武祐子
